审阅案卷材料
办案人员接到案件后，应当及时地审查侦查机关或刑事侦查部门移送的案件材料是否齐备，有无《起诉意见书》、证据材料和其他法律文书。例如，如果犯罪嫌疑人被拘留、逮捕和被搜查过，审查有无搜查证、拘留证和逮捕证。然后仔细阅读起诉意见书，了解犯罪嫌疑人的犯罪事实、情节，犯罪性质和罪名以及要求起诉的理由，详细审阅案卷中的证据材料，按照法定审查起诉的五项内容，逐项进行审查。发现疑问，可以向侦查人员询问。审阅案卷要认真细致，并应制作阅卷笔录。
讯问犯罪嫌疑人
讯问犯罪嫌疑人是人民检察院审查起诉的必经程序。这是人民检察院核实证据，正确认定案件事实，监督侦查活动是否合法所必需的。讯问犯罪嫌疑人还有助于直接了解犯罪嫌疑人的精神状态和悔罪态度，为其提供辩护的机会，倾听其辩解理由。因此，讯问犯罪嫌疑人意义重大，必须依法进行。根据刑事诉讼法的规定，讯问只能由检察人员进行，讯问犯罪嫌疑人时，应当告知其有申请回避的权利。检察人员在讯问时不得少于2人，并且首先应当讯问犯罪嫌疑人是否有犯罪行为，让其陈述有罪的情节或无罪的辩解，然后根据犯罪嫌疑人的陈述情况和阅卷确定复核证据的重点，向犯罪嫌疑人提出问题让其回答。除对质以外，讯问犯罪嫌疑人应当个别进行，并注意做好笔录。 人民检察院自收到移送审查起诉的案件材料之日起3日内，应当告知犯罪嫌疑人有权委托辩护人，并应当告知被害人及其法定代理人或者近亲属有权委托诉讼代理人。询问被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人，并听取他们的意见，这也是人民检察院审查起诉的必经程序。刑事案件中的被害人是犯罪行为的受害者，对案件情况比较了解，因而听取他的意见，既有助于查清案件事实，又有利于对被害人合法权益的保护。在司法实践中，有许多被害人、犯罪嫌疑人缺乏法律知识或受其文化水平限制，不能准确地陈述和回答检察人员的问题，需要委托他人代为诉讼。因此，刑事诉讼法规定人民检察院审查案件，应当听取被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人的意见，这样更有助于检察人员核实证据，查明案件事实。询问被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人时，应当由两个以上检察人员进行，并须向他们出示人民检察院的证明文件，询问前还要告知他们应当如实提供证据和陈述，询问时应个别进行，同时注意做好笔录。
听取被害人意见
《刑事诉讼法》第170条规定：人民检察院审查案件，应当听取被害人意见。最高检《规则》第365条规定，对于无法直接听取被害人意见的，可以通知被害人提出书面意见，在指定期限内未提出意见的，应当记录在案。办案人员直接听取被害人的意见包括两个方面的内容：一是通过询问被害人进一步查清案件事实，核实其他证据；二是情趣被害人关于案件1处理的意见以及对惩罚犯罪的要求，告知被害人有权就因犯罪行为遭受的物质损害提起附带民事诉讼。
听取辩护人和诉讼代理人的意见
《刑事诉讼法》第170条规定，人民检察院审查案件，应当听取辩护人、被害人及其诉讼代理人的意见，并记录在案。辩护人、被害人及其诉讼代理人提出的书面意见，应当附卷。最高检《规则》第365条规定，直接听取辩护人、被害人及其诉讼代理人的意见有困难的，可以通知辩护人、被害人及其诉讼代理人提出书面意见，在指定期限内未提出的，应当记录在案。因此，听取被害人、犯罪嫌疑人委托人的意见是人民检察院审查案件的必须程序，对相关口头意见应记录在案，对相关书面意见应当附卷。
补充侦查
补充侦查，在提起公诉阶段是指人民检察院对侦查机关侦查终结移送起诉的案件，或者对自行侦查终结的案件，在审查起诉中，发现有事实不清、证据不足或者遗漏了罪行或同案人，需要补充进行有关专门调查等工作的一项诉讼活动。补充侦查的目的在于查清有关事实和证据，以决定是否将犯罪嫌疑人交付人民法院审判。根据刑事诉讼法第140条第2款的规定，补充侦查有两种形式：一种是由人民检察院退回侦查机关进行。这种形式一般适用于主要犯罪事实不清、证据不足，或者遗漏了重要犯罪事实及应追究刑事责任的同案犯的案件。人民检察院对需要退回补充侦查的案件，应当制作《退回补充侦查决定书》，写明退查的理由和需要补充查明的具体事项及要求。另一种是由人民检察院自行侦查。这种方式一般适用于只有某些次要的犯罪事实、情节不清，证据不足，侦查机关侦查活动中有违法情况，在认定事实和证据上与侦查机关有较大分歧或者已经退查过但仍未查清的案件。自侦案件需要补充侦查的，人民检察院审查起诉部门应将案件退回本院侦查部门。
人民检察院在补充侦查中，对各种证据有疑问的都要进行重新收集或鉴定。比如人民检察院对鉴定结论有疑问或依照当事人的请求，应当自行对犯罪嫌疑人或被害人进行医学鉴定，必要时可以聘请医学机构或专门鉴定机构有鉴定资格的人员参加。人民检察院对物证、书证、视听资料、勘验、检查笔录存在疑问的，应当要求办案人员提供物证、书证、视听资料、勘验、检查笔录获取、制作的有关情况，必要时应当重新收集和制作，对物证、书证、视听资料可以进行鉴定。对证人证言有疑问的，也应当重新进行询问。
根据刑事诉讼法第140条第3款的规定，对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕。补充侦查以两次为限。这一规定是为了防止拖延结案时间，避免对犯罪嫌疑人超期羁押、久押不决的情况，有利于保护犯罪嫌疑人的合法权益，督促侦查机关的侦查工作。
退回补充侦查的案件，如果在主要事实或证据上发生了重大变化，侦查机关就应当重新制作起诉意见书；如果只是在个别情节上补充了有关材料，可以书面意见的形式移送人民检察院；如果认为应当撤销案件的，应将决定通知人民检察院。
作出决定
一般来说，人民检察院的检察人员审查起诉，应当首先全面阅卷，找出疑点、矛盾后，再有的放矢地讯问犯罪嫌疑人，听取被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人的意见，以解决案卷中存在的问题。如果发现新情况，根据需要作进一步的调查和补充侦查。检察人员对案件经过一系列审查活动，查清全部案件事实以后，应当拟写《案件审查意见书》，根据审查的具体情况，提出起诉或者不起诉以及是否需要提起附带民事诉讼的意见，报请审查起诉部门负责人审核，审查起诉部门负责人对案件进行审核后，应当提出审核意见，报请检察长或者检察委员会决定起诉或者不起诉。
期限
刑事诉讼法第一百六十九条规定：人民检察院对于侦查机关移送起诉的案件，应当在1个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。该条对审查起诉的期限以及改变管辖后审查起诉期限的计算，都作出了明确的规定。这一规定是长期审查起诉经验的总结，是符合准确、及时办案要求的。根据刑事诉讼法第一百七十一条第3款的规定：对补充侦查的案件，补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院也要重新计算审查起诉期限。以上规定的审查起诉的期限是针对犯罪嫌疑人被羁押的案件来说的，实践中对犯罪嫌疑人未被羁押的案件，人民检察院不受1个月至1个半月期限的限制，既可以在1个月至1个半月内完成，也可以超过这个期限，但是，必须贯彻迅速、及时原则，不得中断对案件的审查。此外，如果在审查起诉过程中犯罪嫌疑人在逃的，人民检察院应当中止审查，并按照刑事诉讼法的有关规定作出通缉的决定并通知侦查机关执行。共同犯罪中的部分犯罪嫌疑人在逃的，对在逃犯罪嫌疑人应当中止审查，对其他犯罪嫌疑人的审查起诉应当照常进行。中止审查应当由审查起诉部门负责人提出意见报请检察长决定。中止审查的时间不计入审查起诉的期限。
人民检察院经过审查，应当根据案件的不同情况，依法作出提起公诉或不起诉的决定。
证据审查
审查起诉阶段审查判断证据的重点是对证据“三性”的审查
l、从证据的“合法性”来审查，主要审查证据是如何形成的、是由谁提供或收集的，收集的方法是否正确，证据的形成与收集是否受到主客观因素的影响。具体地说就是要审查有关人员是否出于不良动机，提供虚假的证据；有关人员是否因生理上、心理上、认识上、表达上等原因，提供了不实的陈述；侦查人员收取证据的手段是否正确、合法，固定保管证据的方法是否科学等。
2、从证据的“客观性”来审查，就是要审查判断证据所反映的事实与待证的案件事实是否存在着客观的内在联系，有什么样的联系，能证明案件中的什么问题，内容本身是否合理，有无矛盾，即证据的内容是否客观真实。
3、从案件各种证据的“关联性”来审查：
首先对同一的证据，要审查其所反映的内容前后是否一致，有无矛盾。如当事人就同一事实作过几次陈述、证人在几次询问中就相同的问题提供的证言，应当对他们前后所做的陈述、提供的证言联系起来进行分析研究，看其所反映的内容前后是否一致，有无矛盾，如有矛盾，就不能轻易采信，而应查明矛盾出现的原因。
其次，对案件中不同类证据的审查，也要结合起来进行综合审查判断，审查各个证据所证明的事实是否一致、协调，它们之间是否存在矛盾。就具体案件来说，要注意分析同案犯口供之间、不同证人的证言之间、犯罪嫌疑人的供述与辩解和被害人的陈述之间有无矛盾。不但如此，还要分析犯罪嫌疑人供述与辩解、证人证言、被害人陈述与案件内的物证、书证、鉴定结论、勘验检查笔录之间有无矛盾，物证、书证与勘验检查笔录之间有无矛盾等等，以便从中发现问题，进一步查证核实。
再次，对证据进行综合审查判断，还应当把案内所有的证据与案件事实联系起来。只有当证据审查到证据与证据之间，而且证据与案件事实之间都相互一致，才能就案件事实作出是否起诉、不起诉的结论性意见。
最后还应注意，证据是否充分，是进行综合审查判断时必须予以解决的问题，特别是完全依靠间接证据定案的，必须要形成完整的证明体系。
