二者的共同点在于：它们都是故意犯罪、犯罪对象都是内容有一定意义的证明文件，但是，两者的区别还是十分明显的。主要表现在：
(1)犯罪客体不同，妨害公文、证件、印章罪侵犯的是国家机关、企业、事业单位、人民团体的正常管理活动及其信誉。其犯罪对象为公文、证件、印章。提供虚假证明文件罪侵犯的是国家对工商企业的管理活动。其侵犯的对象为有关公司成立或生产经营的证明文件。
（2）犯罪的客观方面不同。后者表现为伪造、变造或者盗窃、抢夺、毁灭公文、证件、印章的行为。所谓伪造，是指无权制作者制作不真实的公文、证件、印章。提供虚假证明文件罪表现承担资产评估、验资、验证、审计职责的人员或单位故意提供虚假证明文件、情节严重的行为，它是有权制作者出具了不真实的证明文件。
（3）犯罪主体不同。后罪的主体为一般主体，即达到法定年龄，具有刑事责任能力的人都能构成，其主体为自然人，不包括单位。提供虚假证明文件罪的主体为特殊主体，行为人必须具备一定的身份才能构成。具体说，其主体为承担资产评估、验资、验证、会计、审计、法律服务等职责的中介组织的人员或单位。既包括自然人，也包括单位。
