相比较我国民办非企业单位破产清算制度，我国企业破产清算制度经过三十多年的发展和完善，特别是2007年施行《企业破产法》后，逐渐形成了较为系统的操作规范，加之多年的企业破产司法实践，我国企业破产清算制度趋于成熟。将我国民办非企业单位破产清算制度与企业破产清算制度进行横向比较，有助于指导建立、完善民办非企业单位破产清算制度。
（一）从申请主体来看：
破产清算案件是被动受理型案件，不告不理，必须由申请人向有管辖权的人民法院申请破产，法院才有可能启动破产清算程序。就企业破产清算而言，根据《企业破产法》第七条的规定：“债务人有本法第二条规定的情形，可以向人民法院提出重整、和解或者破产清算申请。债务人不能清偿到期债务，债权人可以向人民法院提出对债务人进行重整或者破产清算的申请。企业法人已解散但未清算或者未清算完毕，资产不足以清偿债务的，依法负有清算责任的人应当向人民法院申请破产清算。”申请企业破产的主体可以是符合条件的债务人、也可以是对债务人享有到期债务的债权人，还可以是负有清算义务的人。反观民办非企业单位，《民办非企业单位登记管理暂行条例》第十六条仅规定了民办非企业单位自行清算，民办非企业单位如果出现资不抵债，由谁来申请破产清算没有明确规定。虽然《企业破产法》第一百三十五条规定：“其他法律规定企业法人以外的组织的清算，属于破产清算的，参照适用本法规定的程序。”但民办非企业单位一旦出现资不抵债或明显缺乏清偿能力，由谁来向法院提出申请，放宽受理条件还是从严掌握，需要根据其特殊性质来进行界定。
（二）“人”的处理
企业破产清算案件中关于“人”的处理，通常来讲主要涉及到破产企业职工的安置。根据《企业破产法》第四十八条第二款的规定：“债务人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金，不必申报，由管理人调查后列出清单并予以公示。”第一百一十三条规定“破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金”作为清偿破产费用和公益债务后的第一清偿顺位，给予优先保障。但由于民办非企业单位的特殊属性，其在破产清算中“人”的处理不仅包括自身员工的安置，还包括经营对象、客户的安置，如民办学校开办过程中出现破产，学校学生如何妥善安置也是重中之重。对于员工的安置，是否能够直接适用《企业破产法》的规定，而对于民办非企业单位而言，需要安置的经营对象、客户如何安置，是计算成债权债务来申报债权还是通过其他途径妥善安置。
（三）资产的处理
《企业破产法》第一百一十条规定：“管理人应当及时拟定破产财产变价方案，提交债权人会议讨论。管理人应当按照债权人会议通过的或者人民法院依照本法第六十五条第一款规定裁定的破产财产变价方案，适时变价出售破产财产。”第一百一十二条规定：“变价出售破产财产应当通过拍卖进行。但是，债权人会议另有决议的除外。破产企业可以全部或者部分变价出售。企业变价出售时，可以将其中的无形资产和其他财产单独变价出售。按照国家规定不能拍卖或者限制转让的财产，应当按照国家规定的方式处理。”破产企业的资产在法院选定破产管理人后，由破产管理人接管，管理人要依法委托中介机构进行清点评估并拟定资产处置方案，在债权人会议上通过资产处置方案，再将破产企业资产通过交易中心挂牌出售，变现价值在债权人之间进行分配。而民办非企业单位的资产组成则较为复杂，它既包括举办者自行投入的财产、国家政策性扶持发放的拨款、社会赠予捐助财产、经营过程中的经济回报等等。在对民办非企业单位破产清算过程中，是否根据资产性质区别对待以及如何处置不同性质的资产，有待规范。
（四）债权债务的处理
债权债务的处理是破产清算程序中的重要一环。《企业破产法》第四十六条规定：“人民法院受理破产案件后，债权人应当在人民法院确定的债权申报期限内向管理人申报债权。劳动债权由管理人记入债权表并予以公示。”管理人对已知债权人发通知告知其前来申报债权，对于未知债权人，给予一定期限的债权申报期，管理人接受申报后，对申报人提交的债权证据资料进行审核，审核后提交债权人会议确认，再提交人民法院最终裁定确认。申报债权的清偿顺序也作了严格的规定和限制，《企业破产法》第一百三十七条规定：“破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：
（一）破产人所欠职工工资和欠缴的社会保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金等其他费用；
（二）破产人所欠税款；
（三）普通破产债权。破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。本条第一款第（一）项所称职工工资不包括破产企业的董事、经理和其他负责人的工资。”对于对外债权的处理，管理人代为行使权利，对外依法以管理人的名义清收债权。而民办非企业单位作为非营利性的社会组织，虽然不以盈利为目的，不大量的进行市场经营活动，但其在运行过程中必然会产生经济交往，由此产生债权债务关系，对于民办非企业单位破产清算中的债权债务，其对外债权债务不仅仅是单纯的经济往来，更多的是基于人身关系产生的债权债务关系，如：民办学校的学费、民办医院的医疗费、民办养老院的养老服务费等等。能否按照《企业破产法》关于分配顺序的规定，将它们一并纳入普通破产债权进行处理，还是作为优先债权予以保障，值得商榷。
综上所述，民办非企业破产清算制度还不是特别完整，还缺乏一定专门法律指导。但每年国家都在对制读的内容不断进行修改和完善。所以对于民办非企业破产的清算可以先参考比较成熟的企业破产法。当然，二者之间还是存在着一些差别，还是要结合实际具体问题具体分析。
