非法侵入计算机信息系统罪侵犯的客体是国家重要领域和要害部门的计算机信息系统安全。
计算机信息系统是指由计算机及其相关的和配套的设备、设施(含网络)构成的，按照一定的应用目标和规则对信息进行采集、加工、存储、传输、检索等处埋的人机系统。
随着计算机技术的发展和计算机的普及应用，国家对计算机的使用也越来越广泛，在国家事务管理、国防、经济建设、尖端科学技术领域都广泛建立了计算机信息系统，特别是在关系到国计民生的民航、电力、铁路、银行或者其他经济管理、政府办公、军事指挥控制、科研等领域。
国家的重要部门都普遍建立了本部门、本系统的计算机信息系统，这些计算机信息系统的正常运行、对于保障国家安全、经济发展和保护人民生命财产安全等方面都起着十分重要的作用。
但是，这些重要的计算机信息系统一旦被非法侵入，就可能导致其中的重要数据遭受破坏或者某些重要、敏感的信息被泄露，不但系统内可能产生灾难性的连锁反应，还会造成严重的政治、经济损失，甚至还可能危及人民的生命财产安全。
对这种非法侵入国家重要计算机信息系统的行为必须予以严厉打击。
