建设工程合同有纠纷能否约定仲裁

能约定。
根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》若干问题的解释第215条规定，依照民事诉讼法第124条第2项的规定，当事人在书面合同中订有仲裁条款，或者在发生纠纷后达成书面仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院应当告知原告向仲裁机构申请仲裁，其坚持起诉的，裁定不予受理，但仲裁条款或者仲裁协议不成立、无效、失效、内容不明确无法执行的除外。
第216条规定，在人民法院首次开庭前，被告以有书面仲裁协议为由对受理民事案件提出异议的，人民法院应当进行审查。