两者主要的区别是：
(1)主观罪过不同，过失破坏交通工具罪是过失犯罪。
行为人对其行为可能引起的严重后果持否定态度，或者应当预见而未预见，或者虽已预见而轻信能够避免，以致引起严重后果。
破坏交通工具罪是故意犯罪。
行为人对其破坏行为会发生严重危害结果是明知的，并且持希望或者放任态度。
(2)对危害结果要求不同。
前者把造成严重后果作为构成犯罪的法定要件，如果实施破坏交通工具的过失行为尚未造成严重后果，不构成犯罪。
后者只要故意实施破坏交通工具的行为，并足以使之发生倾覆或毁坏危险，无论是否造成严重危害结果，均构成犯罪，而且构成破坏交通工具罪既遂。
2、本罪与交通肇事罪的界限两者都是过失犯罪，主要区别在于客观方面不同。
过失损坏交通工具罪主要表现为行为人因过失行为而致使火车、汽车、申力、船只、航空器发生倾覆、毁坏，造成严重后果；
交通肇事罪则表现为行为人(包括从事交通运输的人员和非从事交通运输的人员，违反交通运输管理法规而引起重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失。
因此，如果交通运输人员在驾驶交通工具的过程中，违反交通运输管理法规，过失引起交通工具倾覆、毁坏，造成严重后果，则不构成过失损坏交通工具罪，而构成交通肇事罪。
