员工旷工申请仲裁，公司会有什么处理

员工因旷工申请仲裁，公司的处理结果要看具体情况。
要是公司有完善且合法的规章制度，明确规定了旷工的认定和后果，还向员工公示过，员工旷工证据确凿，公司按制度解除劳动合同，在仲裁时胜诉可能性较大，不用承担赔偿责任。《中华人民共和国劳动合同法》规定，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。
要是公司规章制度不合法，比如制定程序没经过民主协商，或者内容违反法律法规，就算员工旷工，公司以此解除劳动合同可能会被仲裁认定为违法解除。这时，公司要担责，可能要支付赔偿金，赔偿金是经济补偿标准的二倍。经济补偿按员工在本单位工作年限算，每满一年给一个月工资。
另外，要是公司没法证明员工旷工，仲裁可能偏向员工，公司也可能要支付赔偿金等。所以，公司要保证规章制度合法合规，留存好员工考勤记录等证据。

案情回顾:

小朱是某公司员工，近期频繁旷工。公司依据内部制度与其解除劳动合同，小朱不服，申请劳动仲裁。小朱认为公司规章制度未向他公示，解除劳动合同不合理。公司则称制度完善且已公示，小朱旷工事实清楚，解除合同合理。

案情分析:

1、若公司有完善合法的规章制度，明确了旷工认定及后果，且已向小朱公示，小朱旷工事实清晰，根据《中华人民共和国劳动合同法》，公司以严重违反规章制度为由解除劳动合同，仲裁时公司大概率胜诉，无需承担赔偿责任。
2、如果公司规章制度不合法，如制定未民主协商或内容违法，即便小朱旷工，公司解除合同可能被认定为违法，需按经济补偿标准的二倍支付小朱赔偿金，经济补偿按小朱工作年限，每满一年付一个月工资。
3、若公司无法证明小朱旷工事实，仲裁可能偏向小朱，公司可能需支付赔偿金。所以公司要确保制度合法合规，留存好考勤等证据。