员工给公司造成100万元损失的,处理方式取决于员工的主观过错和行为性质。第一,如果属于一般工作过失,用人单位不能要求员工全额赔偿,通常按规章制度处理,如扣发绩效奖金等,但不能克扣基本工资。第二,如果员工存在重大过失或故意行为(如挪用资金、收受回扣、泄露商业秘密),公司可以要求赔偿全部损失。第三,如果行为涉嫌犯罪(如职务侵占、挪用资金、侵犯商业秘密),公司应向公安机关报案追究刑责。第四,即便员工有过错,公司也不能从工资中直接扣除超过月工资20%的金额。建议公司先内部调查固定证据(邮件、监控、审批记录等),评估员工主观过错程度后决定采取内部追偿、民事起诉还是刑事报案。