1、司法行政机关受理投诉后，应当进行调查。调查应当全面、客观、公正。调查工作不得妨碍被投诉人正常的司法鉴定活动。
司法行政机关认为有必要的，可以委托下一级司法行政机关进行调查。被投诉人为司法鉴定人的，其执业所在的司法鉴定机构应当配合调查。
2、司法行政机关进行调查，可以要求被投诉人说明情况、提交有关材料，可以调阅被投诉人有关业务案卷和档案材料，可以向有关单位、个人核实情况、收集证据，可以听取有关部门的意见和建议。
调查应当由两名以上工作人员进行，并制作笔录。调查笔录应当由被调查人签字或者盖章;不能签字、盖章的，应当在笔录中注明有关情况。
3、被投诉人应当如实陈述事实、提供有关材料，不得提供虚假、伪造的材料或者隐匿、毁损、涂改有关证据材料。
4、司法行政机关在调查过程中发现有本办法第十二条规定情形的，可以终止投诉处理工作，并将终止理由告知投诉人。
5、司法行政机关在调查过程中，发现被投诉人的违法违规行为仍处在连续或者继续状态的，应当责令被投诉人立即停止违法违规行为。
6、司法行政机关应当根据调查结果，作出如下处理：
(1)被投诉人有应当给予行政处罚的违法违规行为的，移送有处罚权的司法行政机关依法给予行政处罚;
(2)被投诉人违法违规情节轻微，没有造成危害后果，依法可以不予行政处罚的，应当给予批评教育、训诫、通报、责令限期整改等处理;
(3)投诉事项查证不实或者无法查实的，对被投诉人不作处理，并应当将不予处理的理由书面告知投诉人。
对于涉嫌犯罪的，移送司法机关依法追究刑事责任。
7、司法行政机关受理投诉的，应当自受理之日起六十日内办结;情况复杂，不能在规定期限内办结的，经本机关负责人批准，可以适当延长办理期限，但延长期限不得超过三十日，并应当将延长的理由告知投诉人。
8、司法行政机关应当自作出处理决定之日起七日内，将投诉处理结果书面告知投诉人、被投诉人。
9、司法行政机关应当及时将投诉处理结果通报被投诉人住所地或者执业机构所在地的司法行政机关和司法鉴定协会。
司法行政机关应当将投诉处理结果记入被投诉人的司法鉴定执业诚信档案。
10、被投诉人对司法行政机关的投诉处理决定有异议的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
11、司法行政机关应当对被投诉人履行处罚、处理决定，纠正违法违规行为的情况进行检查、监督，发现问题可以责令其限期整改。
根据《司法鉴定执业活动投诉处理办法》，司法鉴定不按标准进行的情况可以进行投诉受理和调查处理。《司法鉴定执业活动投诉处理办法》的出台不仅是为了规范司法鉴定人员的鉴定行为，也是为了监督司法鉴定的公平公众公开，深入来讲，更是为了维护受害者和嫌疑人的基本权利，保护其合法权益和善意行为不受侵害。
