(一)服务对象不同
1、与沪深交易所服务于“大而壮”的企业不同，新三板服务的企业往往具有“小而美”的特征，这些企业可能没有厂房、设备等值钱的资产，只有几间办公室，几台电脑，很难从银行获得贷款;
2、而它们往往处于“砸钱抢市场”的创业阶段，也拿不出一张漂亮的报表，迈不进沪深交易所的大门。
但是它们创新性强、科技含量高、拥有成熟的盈利模式和广阔的发展前景。新三板正是为了服务这些企业而存在的，让社会资本对创新体系的支持由企业的成熟期，前移到初创、成长期。
(二)正因新三板服务对象的特殊性，它在挂牌准入、发行融资、交易结算、并购重组和投资者准入方面也有一套量身定制的制度规则。
比如，在挂牌准入上，新三板不设财务门槛，企业只要存续期满两年、股权清晰、业务明确，有主办券商推荐，即使尚未盈利，也可以挂牌。而且，新三板挂牌成本低、周期短。
1、交易制度方面，主板只有竞价交易一种方式，而新三板则提供协议、做市、竞价三种方式。
2、融资方面，新三板可自行选择融资对象及融资时点。主板、创业板市场只能选择IPO方式向不特定对象发行新股融资，上市当时就要稀释原股东的股权，上市后再融资也要经过严格的审批程序。而在新三板挂牌则可由企业自行决定是否融资，以及融资时点、融资对象。例如，紫光华宇由于股东看好企业前景普遍惜售，挂牌以来只发生过一笔交易。
3、信息披露方面，新三板实行“适度披露”原则。与主板、创业板相比，新三板对强制披露事项、流程进行简化。
(三)新三板定位是创新型中小微企业的服务媒介，主要是为企业发展、资本投入与退出服务，并不以交易为主要目的，这也是它和主板的一大区别。
新三板本来就是针对那些小型的股权交易平台的，所以大股东如果减持股份的话，肯定对企业及证券交易市场带来的波动都是比较大的，股东一次性减持比例太多的话，也容易给市场投资者带来很多不确定因素，一般来说大股东大幅度减持的案例比较少。
