法院审理劳动争议案件和审理一般民事纠纷一样，适用民事诉讼法的规定。其主要程序有一审程序、二审程序、审判监督程序等。
一审程序比较复杂。审理之前人民法院将进行向被告发送起诉状副本、组成合议庭、开展调查或委托调查、通知当事人参加诉讼等事宜。法庭调查时，按当事人陈述、证人作证、出示证言书证等证据、宣读鉴定结论和勘验笔录这样的顺序进行。进入法庭辩论后，先由原告及其诉讼代理人发言，然后由被告及其诉讼代理人答辩，再由各方互相辩论。辩论之后由审判长按照原告、被告、第三人的先后顺序征询各方最后意见。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。判决书中应当写明案由、诉讼请求、争议的事实和理由;判决认定的事实、理由和适用的法律依据;判决结果和诉讼费用的负担;上诉期间和上诉的法院。
当事人不服一审判决的，可依法提起二审程序。须在一审判决书送达之日起15日内向上一级法院提起上诉。上诉状应当写明当事人的姓名、法人名称及其法定代表人姓名，原审人民法院名称、案件编号和案由，上诉的请求和理由。上诉状应当通过原审法院提出，并按照对方当事人或者代表人的人数提出副本。二审法院应对上诉请求的有关事实和适用法律进行审查，并应组成合议庭进行开庭审理。合议庭认为不需要开庭审理的，也可径行判决。二审法院审理上诉案件，可以进行调解。二审法院作出的判决是终审判决。
审判监督程序是当法院对已经发生法律效力的判决和裁定发现确有错误而需要再审时所进行的程序。当事人也可以申请再审，但须在判决发生法律效力后2年内提出。
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