工程合同如何整理归档可以参照如下方法：
(一)建立电子文件网络归档专用系统。利用计算机网络系统，建立电子文件归档专用系统，将所有上网与未上网的、具有保存价值的电子文件通过专用系统传递给档案部门。档案部门要与办公自动化与信息管理部门通力合作，承担业务指导与监督职能，选择具有通用性文本、图像与视频电子文件格式，实行统一管理。体现电子文件的真实性、完整性、有效性与安全性。
(二)档案部门必须将计算机与信息管理等业务部门移交的具有保存价值的电子文件进行脱机保存，脱机保存的载体要按照优先顺序依次排列为只读光盘、一次写光盘、磁带、可擦写光盘、硬磁盘等。不允许使用软磁盘、优盘等移动存储设备作为电子文件长期保存的载体。
(三)对于采取技术手段对内容进行“加密”处理的电子文件，应当在解密后进行脱机保存。在储存电子文件的载体或者装具上应当注明反应其内容的检索标识。在存储涉及国家秘密的电子文件载体或者装具上，还应当具体注明相应的密级与保密期限，并严格按照国家保密法律法规的规定进行管理。
(四)通过采取技术处理，将已归档的电子文件改为“只读性”文件，即只能读不能写的不可更改的文件，从而识别和保护电子文件原始结构，保证电子文件的可靠性，而且，对于长久保存的电子文件，需要定期进行复制，以防止信息损失，使之与纸质文件一样发挥效用。
(五)对电子文件档案的标准化、规范化管理要求更高。电子文件档案的归档管理，要求文书档案管理工作贯穿到文件产生、运转、处理、归档的整个过程中，通过网络平台实现的归档工作，每一个操作环节都体现了文件管理和档案管理的具体要求，需要以规范科学的管理为前提。这就必须要明确归档流程和归档环节，统一标准，对各归档部门的归档职责、工作内容和管理权限进行明确的划定，而这些细节都必须在系统设计时就充分予以考虑，并能在具体操作中体现出来。
