工资按实际出勤日计算违法吗

在法律层面上，这是无可争议的。
员工薪酬必须保持在法定最低工资水平以上，此乃法律明文规定。
具体的薪金分配方案须由雇主同员工共同商议制定。
若雇佣方的规章制度并不存在任何违法或违反法规且对员工权益造成损害，那么违背公司规定扣除员工工资之行为则依法应被排除在外。《劳动法》第四十七条
用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。
《劳动法》第四十八条
国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，报国务院备案。
用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。