但是加班费是按基本工资3000元计算的,不是应该按实际收入5000元计算吗,公司的算法是否合理？

劳动部对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》第二条规定，《工资支付暂行规定》第十三条规定，加班工资应当按照不低于劳动合同规定的劳动者本人工资；劳部发（1995）226号《对﹤工资支付暂行规定﹥有关问题的补充规定》第二大点第1小点规定，加班工资是根据加班加点的多少，以劳动合同确定的正常工作时间工资标准的一定倍数所支付的劳动报酬，均有劳动合同确定的工资标准规定。《关于工资总额组成的规定》就工资构成作出规定后，劳动部随后在《劳动部对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》中就加班工资作出相应规定，比较而言，后者属于加班工资的特别规定。以上就是对约定加班费计算基数为基本工资合法吗的解释，希望能对你有所帮助。