那么根据税务管理法第五十二条,纳税人就不能申请退款,超过三年期限,既然你们多扣了纳税人税款,我的诉求：根据你们的回复?

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根据环境保护税法需要缴纳环境保护税的纳税人不包括：
一、不直接向环境排放应税污染物的，不缴纳环境保护税；
二、居民个人不属于纳税人。
《中华人民共和国环境保护税法》第二条，在中华人民共和国领域和中华人民共和国管辖的其他海域，直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者为环境保护税的纳税人，应当依照本法规定缴纳环境保护税。

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根据环境保护税法需要缴纳环境保护税的纳税人不包括：
一、不直接向环境排放应税污染物的，不缴纳环境保护税；
二、居民个人不属于纳税人。
《中华人民共和国环境保护税法》第二条，在中华人民共和国领域和中华人民共和国管辖的其他海域，直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者为环境保护税的纳税人，应当依照本法规定缴纳环境保护税。

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国税发200931号文是针对房地产纳税人预售未完工商品房，根据预收售房收入、毛利率来确定应纳税所得额，然后再按照25%的税率计算应纳所得税额。国家税务总局关于印发《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》的通知（国税发〔2009〕31号）第八条企业销售未完工开发产品的计税毛利率由各省、自治、直辖市国家税务局、地方税务局按下列规定进行确定:　　
（一）开发项目位于省、自治区、直辖市和计划单列市人民政府所在地城市城区和郊区的，不得低于15％。
（二）开发项目位于地及地级市城区及郊区的，不得低于10%。　
（三）开发项目位于其他地区的，不得低于5％。
（四）属于经济适用房、限价房和危改房的，不得低于3%。t　　第九条企业销售未完工开发产品取得的收入,应先按预计计税毛利率分季(或月)计算出预计毛利额，计入当期应纳税所得额。例如，某地级市房地产公司三季度销售未完工房屋，取得预售收入8360万元，毛利率按照10%，那么该房地产开发公司三季度应预缴企业所得税：8360万元×10%×25%=209万元。