在我们国家，企业可以通过以下三种方式合理地运用增值税中的运费抵扣进项税额：
首先是通过从所购买商品的销售者手中获取到增值税专用发票，且发票中所注明的增值税金额就是可被抵扣的部分；
其次是从政府机构海关获得的海关进口增值税专用缴款书，同样在其中明确记载着增值税金额，这部分费用也是可以抵扣的；
最后，如果增值税的产生是由税务机关或者承担扣缴义务的单位所引发的，那么他们所开具的完税凭证上所注明的增值税金额也可以作为抵扣依据。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条
纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，国务院另有规定的除外。进项税额计算公式：
进项税额=买价×扣除率
（四）自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额。
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