根据相关法律规定,对于非法侵占农业用地兴建工厂的行为,应首先没收其在非法占用的土地上新建的建筑物及其他附属设施。
此外,还需对该违法行为进行罚款处理。
值得注意的是,集体所有的耕地并非属于任何个人私有财产,而属于全体集体成员共有。
若个人或企业未经政府审批,或是通过欺骗手段取得审批资格,从而非法占用农业用地的,地方各级人民政府的土地行政主管部门应当责令其归还非法占用的土地,同时对违反土地利用总体规划擅自将农用地转为建设用地的行为,要求其限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施,以恢复土地原貌。
对于符合土地利用总体规划的情况,则应对其没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施,并处以罚款。
对于非法占用土地的单位,其直接负责的主管人员以及其他直接责任人,应依法受到行政处分;
如果情节严重,构成犯罪的,还应依法追究其刑事责任。
《中华人民共和国土地管理法》第七十七条
未经批准或者采取欺骗手段骗取批准,非法占用土地的,由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地,对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的,限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施,恢复土地原状,对符合土地利用总体规划的,没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施,可以并处罚款;对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员,依法给予行政处分;构成犯罪的,依法追究刑事责任。