大体上可以分为两个阶段，
第一阶段程序如下：
（一）鉴定委托；受理委托；确定工程造价司法鉴定人员。
（二）查阅案卷是进行工程造价司法鉴定的首要工作。在一般的建筑工程造价审计中，结论大多是固定格式化的，而在司法鉴定中的工程造价问题都具有特殊性和个别性，只有深入了解案卷的基础上，才能有正确的思路，明确争诉的焦点，为鉴定工作的开展奠定基础。
（三）召开当事人会议，并作好询问笔录（若当事人申请鉴定人回避，则重新确定工程造价司法鉴定人员）。
（四）现场勘探、证据调查。
第二阶段程序如下：
（一）当事人对司法鉴定初稿提出书面异议。
（二）听证质疑（当事人提出异议主张及证据，并对其进行申辩陈述）。司法鉴定人应全面认真听取当事人的异议、反驳申辩理由，并作好相应的记录。
（三）工程造价司法鉴定人员对鉴定初稿进行审查修改。
（四）出具鉴定报告。
庭审质证。出庭质证是鉴定人的基本义务，也是力求使司法机关采信鉴定结论的过程。
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