一、经营规模不同：
个人独资企业必须有固定的生产经营场所和合法的企业名称，属于一个小公司;个体工商户可以没有企业名称，也可以没有固定的经营场所。
二、分支机构的设立：
个人独资企业可以设立分支机构;个体工商户根据规定是不可以设立分支机构的。
三、财务制度和税收政策不同：
个人独资企业必须建立财务制度，进行会计核算;个体工商户在是否建立会计制度上存在许多争议，如税务部门不作硬性要求，也可以不进行会计核算。
四、适用法律不同
个人独资企业依照《个人独资企业法》设立;个体工商户按照《民法》和《城镇个体工商户管理暂行条例》等规定设立。
五、承担责任不同
个人独资企业投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任;而个体工商户的债务如属个人经营的，以个人财产承担，如属家庭经营的，以家庭财产承担
【法律依据】
根据《独资企业法》第34条：个人独资企业财产不足以清偿债务的，投资人应当以其个人的其他财产予以清偿。
