承包人与转承包人之间的工程款结算：
《建设工程施工合同司法解释》第26条规定：实际施工人以转包人(承包人)为被告起诉的，人民法院应当依法受理。转承包人作为工程的实际施工人，与承包人均是转包合同的签订主体，根据合同相对性原则，转承包人可以直接向承包人追讨工程款。由于转包合同无效，根据合同无效的处理原则，双方应各自返还财产。
因建设工程的特殊性，若客观上严格适用返还财产的规定，必将使工程丧失其效用价值，也进一步扩大了双方的经济损失。因此，参照《建设工程施工合同司法解释》第2条的规定，建设工程经竣工验收合格，转承包人可以参照无效的转包合同的约定主张工程价款，这种处理既符合双方当事人的真实意思表示，也有利于保护当事人的基本利益。
发包人与转承包人之间的工程款结算：
转承包人由于与发包人没有合同关系，在承包人拖欠其工程款时，其无法向发包人主张权利。承包人一旦出现资信状况恶化、破产、法人主体资格消灭等情形时，即有可能无法追回工程款。从保护实际施工人的利益和实现公平正义角度出发，《建设工程施工合同司法解释》第26条规定：实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人为本案当事人，发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。实际施工人的权利有了更多的救济途径。
但上述规定并不等同于发包人负有直接向实际施工人支付工程款的义务。一方面，发包人和实际施工人并不存在直接的合同关系;另一方面，发包人的发包过程并无过错，要求发包人对承包人的违法行为”买单“不公平，也违背了其真实意思表示。
实践中，也存在发包人与承包人恶意串通，以较低的价格签订合同，以此阻却转承包人根据上述规定追讨欠付工程款。在此情况下，转承包人确有证据证明双方存在恶意串通的事实，可行使其撤销权，撤销该合同，保证工程款债权的实现。
