公司用平时请假周日加班的时间做抵消合理吗？

是可以的。平时请假扣双休加班其实是倒休的一种说法，就是说你双休日上班了，然后平时有事请假就不用扣工资，直接用双休加班的时间冲抵即可，是符合《劳动法》规定的。即：劳动者周休息日有加班，应当先安排同等时间的补休，不能补休的应支付加班费。
相关法规条款：
《劳动法》第四十四条　有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
　　（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；

周六周日应该休息而加班的，属于休息日加班，单位应该支付200的加班工资。
《劳动法》
第四十四条　有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。