克扣员工工资多少算违法犯罪行为

用人单位毫无依据地擅自扣除员工薪资的行为基本上均是非法的，无论所扣除金额多大。
然而，假如用人单位蓄意拖欠劳动者所得的工资，数额颇丰，经过政府相关部门逾期下令支付仍未执行的话，便有可能被定性为拒不支付劳动报酬的犯罪行为。
原则上，若有雇主拒绝支付一位劳动者超过三个月以上的劳动薪酬且该金额在五千元至两万元之间，或者拒不支付超过十位劳动者的工资而累计的数额又达到三万元至十万元以上者，应被视为“数额较大”。

《中华人民共和国刑法》第二百七十六条之一
【拒不支付劳动报酬罪】以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。
有前两款行为，尚未造成严重后果，在提起公诉前支付劳动者的劳动报酬，并依法承担相应赔偿责任的，可以减轻或者免除处罚。