一、法律规定，对单位的惩处只有罚金一种方法，如果要给一个机构上刑，怎么上呢？。单位包括国家机关，国家机关却是在用国家的财政拨款来缴纳罚金。这实质等于国家的自我惩罚，将国家的金钱从一个口袋掏出来，却又放进了另一个口袋。再者，国家机关一旦缴纳罚金，又势必影响其正常运作，这对国家职能的实现和社会经济生活的正常进行都是极其不利的。国家为了维护机关的正常运转又不得不再次向受过惩罚的机关下拨财政资金，这一过程又无形之中给相关财政机构增加了负担，而犯罪机关本身却似乎并未受到实质性的损害。这样的刑罚根本起不到教育和惩诫的作用，成为一种玩笑和摆设，成为对刑法科学性与严厉性的莫大讽刺。
二、自1987年我国刑事立法认可“单位犯罪”这个概念以来，实践中出现了一些按条文规定应该认定为国家机关犯罪的案件，如丹东汽车走私案、泰安汽车走私案等。但是从这些案件的处理结果中不难发现，对于此类案件，执法、司法机关往往不是去分析和追究犯罪机关的罪刑和责任，而是热衷于追究有关领导或主要负责人的刑事责任，从而使相关法律法规被束之高阁。这不仅说明这些法律条文形同虚设，实质意义不大，更说明了追究有关领导、负责人的刑事责任就已经能够解决所谓的国家机关“犯罪”的问题。有学者干脆指出，那些貌似机关犯罪的案件，实质都是机关负责人或负责人与一般人员为谋求不正当利益而实施的自然人犯罪。司法实践中追究国家机关的刑事责任会遇到许多难以逾越的障碍，其中最主要的便是怎样既达到惩罚机关的目的，又能维护机关，保证其以后的正常运作。但我们的司法机构又不能胜任惩罚者与保护者的双重身份，面对这样的困难，它们习惯性地无奈地选择了回避，将犯罪直接定性为自然人行为。
