但是现在她又要求公司公司按照交通肇事相关条款给予赔偿,先在到底应该怎么赔偿呢？

首先，这种情况属于交通事故赔偿和工伤赔偿的竞合。法律上这种情况受害人可以主张交通事故赔偿，另外用人单位按照工伤保险条例的规定承担补充赔偿责任。即交通事故赔偿少于工伤赔偿数额时，由用人单位补足。
其次，有些地方比如河北省和黑龙江省有相关规定，对工伤一至四级可以给予一次性的赔偿，但赔偿的标准都是相对很低，甚至无法达到交通事故的赔偿标准。再有，因为用人单位同是工伤和交通事故的责任人，你可以以交通事故提起诉讼，主张赔偿，但你同事主张了交通事故赔偿后就不好再主张工伤赔偿了，因为根据她的伤情工伤赔偿无法确认具体数目，也就无法确认补充赔偿责任，将导致她无法获得工伤赔偿。
最后，究竟是按照工伤赔偿还是按照交通事故主张赔偿建议你同事仔细计算一下哪种方式获得的赔偿更多或对自己更有利。