在日本护照到期去入管局自首，现在什么流程都办下来了，就差机票，但是还想在日本继续

如果他是中国国籍，那么他去日本的入管局询问就问错地方了。他需要到中国驻日本大使馆去解决相应手续。因为长久寓居日本，他在地方区役所有登录资料，在区役所获到外国人登录済证明书」之后到中国大使馆解决独身证明。解决独身证明需要当事人护照，所以本人不在就不能解决了。现在你要在他回日本之前解决结婚手续的话，就只能用身份证解决了。对于日本方面来说，你按国内居民登记结婚和，按华侨登记结婚，那时中国方面的事，并不重要。重要的是解决了结婚证后，需要解决结婚公证。你向日本外务省申请签证的话，结婚公证是必需的。至于会不会被拒签，那要看日本外务省的审核，无百分之一百的保证。