1、丢失已开具的增值税专用发票。
如果丢失的是发票联和抵扣联，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证;如果仅仅丢失发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查;如果丢失抵扣联导致无法认证，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证。
2、丢失已经开具的普通发票。
增值税普通发票丢失后，如果没有税务机关的同意，复印件等证明材料是不能作为税前扣除凭据的。如果纳税人丢失发票联，应取得原签发单位盖有公章的证明，并注明原来发票号码、金额和内容等，由经办单位负责人批准后，才能代作原始凭证。同样的，也需要书面报告主管税务机关，并做登报作废说明。
综上所述，增值税发票不同于普通发票，丢失后如果不及时作废的话可能导致国家税收的减少。企业丢失发票属于保管不当，税务部门可能做出行政处罚，丢增值税发票罚金标准是一万元以下。已经开具的发票丢失了，企业要到当地的税务机关办作废手续，需要提供遗失声明、原发票记账联等材料。
