劳动争议会影响公司的注销吗

这并不构成任何阻碍。
根据《劳动人事争议仲裁办案规则》的内容，当雇主单位没有办理营业执照、或已经被吊销了营业执照、或营业执照期限届满后仍持续经营、或被勒令停产整顿、或被撤销、或雇主单位解散、歇业等情形出现且无法承担相关责任时，应对该单位及其实施总投资、设立或管理的部门视为共同的当事人。
至于劳动争议的主体，也就是辩论中的各方当事人，既包含了劳动者群体与雇主单位，他们是劳动法律关系中权利的享受者，同时也是义务的承担者。
若在劳动争议处理过程中，企业已经进行清盘，劳动者应当将清盘小组视为辩方的主要参与者。
清盘小组即是清算机构，是企业运营终止之后，负责实施清算工作以及代表企业行使职权的最高权力组织，其负责企业在清盘期间的所有事项。
因此，若劳动争议于此时产生，若用人单位进入破产程序，那么劳动者在挑选对立方为标的时，清盘小组应当被明确认定为被申请受理对象。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议;
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供;用人单位不提供的，应当承担不利后果。