99%房产归女方合法吗，法律怎样规定

根据相关法律规定，若夫妻间达成了一致意见并在协议中明确了百分之九十九的房产归属女方所有，该约定应被认定为合法。
在婚姻关系存续期间内，夫妻双方对于共同财产拥有平等的处置权，如无法就此问题达成共识，则需交由人民法院依据保护未成年子女、女性以及无过失方权益的原则进行裁决。
因此，在夫妻共同财产的分配上，协议具有优先效力，只要夫妻双方在协议中明确将房产的百分之九十九份额划归女方所有，那么这一决定便具备法律约束力。
《民法典》第一千零八十七条离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。
第一千零八十八条夫妻一方因抚育子女、照料老年人、协助另一方工作等负担较多义务的，离婚时有权向另一方请求补偿，另一方应当给予补偿。
具体办法由双方协议；协议不成的，由人民法院判决。