您好我想问公司已经有扣除个税了还要在个税app申报吗?

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你好，据您所述建议您直接咨询当地人社局了解情况

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对于增值税、营业税应税行为已经发生，只是合同缔约方未能完全履行合同条款而产生的违约金，应当视一下情况进行涉税处理。
由于购货方或者购买服务方(以下简称“付款方”)未能完全履行合同，供货方或服务提供商(以下简称“收款方”)向付款方收取违约金，应当作为价外费用缴纳增值税或者营业税，依据如下：
增值税暂行条例实施细则第十二条规定：条例第六条第一款所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。
营改增试点管理办法也做出了相同的规定：销售额，是指纳税人提供应税服务取得的全部价款和价外费用。价外费用，是指价外收取的各种性质的价外收费。
由于收款方未能完全履行合同，付款方向收款方收取的违约金，无论是增值税、营改增相关规定，均只规定了收款方向付款方收取的违约金应当作为价外费用，计算缴纳增值税，反过来付款方向收款方收取违约金的情况，不属于价外费用，不需要缴纳增值税或营业税。
这里需要注意的是，应产品(服务)质量等问题的折扣折让，应当由收款方开具红字发票给付款方，这种情形一般违约论，在此不作详述。
合同违约金的税务处理
1、增值税用户收取的违约金，根据《增值税暂行条例》及其实施细则的规定：销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用。价外费用是指价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金(延期付款利息)、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费、代收款项、代垫款项及其他各种性质的价外收费。因此，违约金是一种价外费用，应开具增值税发票按规定缴纳增值税。
2、所得税《企业所得税税前扣除办法》(国税发[2020]第084号)第五十六条规定：纳税人按照经济合同规定支付的违约金(包括银行罚息)、罚款和诉讼费可以扣除。但是，违法经营的罚款和被没收财物的损失、各项税收的滞纳金、罚金和罚款，不得扣除。企业收到的违约金，应当作为收入总额中的其他收入，并入当期应纳税所得额计征企业所得税。根据企业会计制度的规定，企业因违约按规定合同规定支付的违约金，应当计入营业外支出科目。

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1、如题所述，当年度奖金可以分摊列支于当年12个月度的相关成本费用科目当中，也可以一次性列支于当年某个月度的成本费用当中；
2、一般的做法，对于当年度的奖金在次年初发放的，可在当年度进行计提，借记相关成本费用科目，贷记其他应付款科目，在次年发放时借记其他应付款，贷记银行存款科目；
3、如归属于当年的奖金一般不应列支于次年的成本费用当中，但基于实质重于形式原则，只要在一个年度内没有列支归属于其他年度的成本费用，在会计处理上也是可以，且一般应具备相应公司内部文件予以支持；
4、以上仅供参考，请予核实，依法操作。