员工加班超三小时，公司要怎样处理

根据《中华人民共和国劳动法》，用人单位因生产经营需要，和工会、劳动者协商后能延长工作时间。一般每天不超1小时，特殊情况保障劳动者健康的前提下，每天不超3小时，每月不超36小时。
要是员工加班超3小时，公司得保证是生产经营合理需要，且和工会、劳动者协商一致。对于超时部分，公司要依法付加班费。安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资150%的报酬。
若公司违法延长劳动者工作时间，劳动行政部门会警告、责令改正，还可能罚款。
为此，公司要及时调整加班安排，避免再次超时，保障员工休息权。同时建立合理的加班管理制度，明确审批流程，减少不必要的加班。要是员工因超时加班身体不适或有其他问题，公司要担责。

案情回顾:

小朱在一家公司工作，近期公司业务繁忙，要求小朱每日加班超三小时。小朱虽不情愿，但公司称这是生产经营需要。小朱在连续多日加班后身体不适，认为公司超时加班违法，且未足额支付加班费，与公司产生争议。

案情分析:

1、依据《中华人民共和国劳动法》，公司安排加班需与工会和劳动者协商，且每日一般不超一小时，特殊情况不超三小时且每月不超三十六小时。该公司让小朱每日加班超三小时，违反了此规定。
2、对于超时加班部分，公司应支付不低于工资百分之一百五十的工资报酬。若未支付，公司存在违法行为。
3、若劳动行政部门介入，可给予公司警告，责令改正，并可处以罚款。公司应及时调整加班安排，建立合理加班管理制度，若小朱因超时加班身体不适，公司需承担相应责任。