补充的养老保险和五险，从员工工资里扣除的部分怎么算

是需要问清楚的。规定的计算方法一般以上一年度本人工资收入为缴费基数。（
1）职工工资收入高于当地上年度职工平均工资300%的，以当地上年度职工平均工资的300%为缴费基数；（
2）职工工资收入低于当地上一年职工平均工资60%的，以当地上一年职工平均工资的60%为缴费基数；（
3）职工工资在300%—60%之间的，按实申报。职工工资收入无法确定时，其缴费基数按当地劳动行政部门公布的当地上一年职工平均工资为缴费工资确定。每年社保都会在固定的时间（3月或者7月，各地不同）核定基数，根据职工上年度的月平均工资申报新的基数，需要准备工资表这些证明。