乙方也未支付丙方门窗款,丙方是否可以拆回已安装的门窗,是否合法？

您好！
1、认可。甲方与丙方签订合同，约定由乙方代为付款。这种在民法上叫做第三人代位履行。
2、合同法第六十五条规定：“当事人约定由第三人向债权人履行债务的，第三人不履行债务或者履行债务不符合约定，债务人应当向债权人承担违约责任。”由该条规定我们可以知道，所谓第三人代为履行，是指第三人依照合同当事人约定由其向债权人履行债务。第三人不履行债务或者履行债务不符合约定的，债务人应当向债权人承担违约责任。属于给第三人设定义务，除非第三人同意，否则是无效的。
2、根据你的描述，签订的是三方协议，则甲乙之间不必另外签订协议，只要凭三方协议可以向丙主张付款。第三人代位履行协议符合法律规定，税务并没有不认可的理由。