补充协议与原协议冲突了，怎么办？

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尽管商品房买卖合同备案至关重要，但未经备案的话，合同不一定无效，而是要根据具体情况来区分。根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第六条的规定，如果合同双方约定以办理登记备案手续为商品房预售合同生效条件的，原则上要按照约定处理，也即要经过办理登记备案手续才生效，但如果合同一方已经履行主要义务，对方接受的，则即便没有登记备案也生效。比如说约定要登记备案才生效，但买房人已经支付了绝大部分房款了，那此时合同也已经生效。如果合同中未将“合同登记备案”作为合同生效条件进行约定，则按合同法规定判断该合同的效力，原则上合同有效。

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补充协议与原合同通常会有冲突，补充协议是对原合同的补充或者变更，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，一般以补充协议为准。但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。根据《民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
法律依据
《民法典》第五百一十条合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

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在合同签订后需要签订补充协议的情况有两种：一种是合同中未约定的事宜，需要进行补充约定；另一种是合同中约定的事宜经双方协商认为需要进行更改。如为第一情况，则应在补充协议中约定，如出现两者的约定不一致时，以原合同的内容为准。如为第二种情况，则应在补充协议中约定，在补充协议签订并生效后，当两者的约定不一致时，以补充协议的约定为准。如同时为了以上两种情况的需要而签订补充协议，则应分别在补充协议中说明两者约定的效力。