根据我国刑法第二百四十二条规定，合同诈骗罪的构成关键是以非法占有为目的，在合同纠纷中，是没有这一要件的，合同诈骗的最后目的就是为了非法占有他人财产，占有后的财产转为他用或者自己挥霍，其根本没有履行合同的意思。合同纠纷中的当事人并不存在非法占有的目的，而是有履行合同的意愿，只是在履行合同义务的过程中，由于外在的因素致使合同无法正常履行，比如资金周转困难，购买的材料不能及时到位等等，客观上没有非法占有的故意。所以是否以非法占有为目的是二者在主观方面的主要区别。
2、客观构成不同
合同诈骗罪在客观表现方面，是以隐瞒真相，虚构事实为要件，如冒用他人身份、伪造变造票据，开设空壳公司等等。在签订合同时，合同上所列的设备条件等，行为人是根本没有的，这些只是欺骗当事人的，为的是让对方在合同上签字。在合同纠纷中，行为人不必冒用他人的身份或条件来欺骗对方，可能为了获得更多的利益，行为人会夸大自己的能力或条件，虽然也有欺诈的行为，但较合同诈骗轻微的多。例如：某煤炭贸易公司在没有落实上游资源的情况下，为了营利即与人订立了煤炭买卖合同，在收到预付款之后，多方查找上游资源，仍未落实，但表示愿意偿还货款，并承担违约责任。此案中，行为人虽在不具备履行合同的条件下与他人签订了煤炭买卖合同，但从整个过程来看，主观上并没有诈骗的目的，因此，不能认定为诈骗，而应当按合同纠纷处理。
3、履行合同的态度不同
合同诈骗中，行为人没有履行合同的意愿，因为其根本不具备履行能力，只是单一的以非法占有为目的，一旦非法占有了他人财产，便会销声匿迹或者以任何理由推脱不履行合同，更不会归还财产或赔偿对方那个损失。合同纠纷当事人一般都会按照合同约定履行职责，并且具有一定的履行能力，履行诚意和积极性，一旦给对方造成损失，当事人会愿意承担责任并赔偿损失。
