审判组织(合议庭)的确定

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由于民事庭与行政庭均由《法院组织法》规定，在一个组织法内跨庭成立任何审判合议庭均是可以的，也有法有据。由于在民事附带行政争议为的民行交叉案件中，民事权益为当事人实质诉争的利益，因而宜挂民商号案件，在各级法院民事审判庭内成立合议庭进行审理，该合议庭成员可邀请行政审判经验较为丰富的法官参与。
当事人地位的确定。一并审理是在一个诉讼中解决两种争议，因此，与两种争议有利害关系的相关当事人均应参加到诉讼中来。根据民事附带行政问题案件特点，可以这样确定：原、被告分别为民事争议的双方当事人，相关行政机关则作为无独立请求权第三人参加诉讼，其它当事人依其与争议标的关系列明。