员工违反保密协议怎么办

根据《劳动合同法》的规定，除了员工违反服务期约定或违反竞业限制义务两种情形之外，企业不得与员工约定由员工承担违约金。因此，保密协议中不得约定员工泄露企业商业秘密时应当支付违约金，只能要求员工赔偿由此给企业造成的损失。
综上所述，员工和用人单位签署的保密协议，无论是在工作过程中，还是离职后一段时间内，都应该是有效的。具体到离职保密协议多长时间内有效，目前没有统一规定，在实践中往往是两三年左右。对于签了保密协议的员工，即便是离职了，也不能随意泄露原单位商业机密，否则，情节严重者会构成犯罪。