施工完成后,甲方以与合同条款明显违背的理由扣款,请问此类纠纷应根据法律条款的那一条进行诉讼？

对于施工合同条款按进度款的具体情况，根据相关法律可知，
1、填写第26条款的依据是《合同法》第286条、《建筑法》第18条、建设部第107号令第15条和《大连市建设工程造价管理办法》第35条。
2、工程进度款的拨付应以发包方代表确认的已完工程量，相应的单价及有关计价依据计算。
3、工程进度款的支付时间与支付方式以形象进度可选择：按月结算、分段结算、竣工后一次结算(小工程)及其它结算方式。