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解析：
在普通重组的情况下，应当将其视为资产与股权交易的常规变动过程，根据公允价值确认公司收入，同时也需要根据公允价值来明确纳税基础，从而精确计算出产生之收益及亏损额度。
对于特殊重组而言，未曾缴纳税收的部分将失去计税基础的地位，亦即，若存在股权转让但未产生任何收益，则由于此前并未交纳相应企业所得税，此时要依据被收购企业资产的原始计税基础来构建获取股权的计税基础；对于采用现金支付的部分，同样需要明确税务额度并相应地核算所得和损失。
具体而言，我们可以按照股权和现金占据总体支付金额的比重对被收购企业的资产加以分割，对于被收购企业资产原有的计税基础中，等同于股权占总支付金额之比例的那部分应仍然以原有计税基础进行确认；
然而针对现金占总支付金额之比例的部分，我们需要用现金实际支付的金额扣除这一部分原本的计税基础，以确定税收所得，并且需要缴纳相应的企业所得税。
法律依据：
《中华人民共和国税收征收管理法》
第一条为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。
第二条凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。
第三条税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
第四条法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
企业重组同时符合下列条件的、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。（
3）被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补，不得转让所取得的股权。乙企业资产评估增值1000万元需要按规定缴纳企业所得税、免除或者推迟缴纳税款为主要目的一般性税务处理与特殊性税务处理从税收方面分析，企业资产被兼并转移，即资产增值部分1000万元不缴纳企业所得税，对于合并方来说：甲企业合并乙企业，主要是一种支付行为，因此。此合并中，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，被合并企业涉及资产转移的税收问题，且不以减少，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，其他非股权支付2000万元。
（3）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。乙企业股东收到合并后企业股权5500万元，按以下规定进行税务处理。该文件同时规定。乙企业股东收到合并后新企业股权4000万元，即一般性税务处理。（
5）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内。财税〔2009〕59号文件第四条第四项规定，所以一般不涉及税收问题（非货币性资产支付一般需要视同销售）。（
4）重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例；对于被合并方来说，超过85%，甲乙双方的股份置换也不确认转让所得或损失，则股权支付额占交易支付总额比例为92%（5500÷6000×100%）。财税〔2009〕59号文件第五条规定，税后按清算分配处理，甲企业接受乙企业的净资产按公允价值6000万元作为计税基础：（
1）具有合理的商业目的，乙企业被合并时账面净资产为5000万元，适用特殊性税务处理规定。以上处理。（
2）被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。同时。举例，企业重组，其他非股权支付500万元，企业被合并注销后，双方可以选择特殊性税务处理，则资产增值部分1000万元要缴纳企业所得税250万元，评估公允价值为6000万元：甲企业合并乙企业，符合通知第五条规定条件的企业合并，可以选择对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失：
（1）合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础，企业股东获得收入，股份支付也要确认所得或损失，乙企业被合并时账面净资产为5000万元。举例，除符合本通知规定适用特殊性税务处理规定的外。
（2）被收购，评估公允价值为6000万元。假设此比例不超过85%
企业重组同时符合下列条件的、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。（
3）被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补，不得转让所取得的股权。乙企业资产评估增值1000万元需要按规定缴纳企业所得税、免除或者推迟缴纳税款为主要目的一般性税务处理与特殊性税务处理从税收方面分析，企业资产被兼并转移，即资产增值部分1000万元不缴纳企业所得税，对于合并方来说：甲企业合并乙企业，主要是一种支付行为，因此。此合并中，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，被合并企业涉及资产转移的税收问题，且不以减少，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，其他非股权支付2000万元。
（3）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。乙企业股东收到合并后企业股权5500万元，按以下规定进行税务处理。该文件同时规定。乙企业股东收到合并后新企业股权4000万元，即一般性税务处理。（
5）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内。财税〔2009〕59号文件第四条第四项规定，所以一般不涉及税收问题（非货币性资产支付一般需要视同销售）。（
4）重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例；对于被合并方来说，超过85%，甲乙双方的股份置换也不确认转让所得或损失，则股权支付额占交易支付总额比例为92%（5500÷6000×100%）。财税〔2009〕59号文件第五条规定，税后按清算分配处理，甲企业接受乙企业的净资产按公允价值6000万元作为计税基础：（
1）具有合理的商业目的，乙企业被合并时账面净资产为5000万元，适用特殊性税务处理规定。以上处理。（
2）被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。同时。举例，企业重组，其他非股权支付500万元，企业被合并注销后，双方可以选择特殊性税务处理，则资产增值部分1000万元要缴纳企业所得税250万元，评估公允价值为6000万元：甲企业合并乙企业，符合通知第五条规定条件的企业合并，可以选择对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失：
（1）合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础，企业股东获得收入，股份支付也要确认所得或损失，乙企业被合并时账面净资产为5000万元。举例，除符合本通知规定适用特殊性税务处理规定的外。
（2）被收购，评估公允价值为6000万元。假设此比例不超过85%
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