因公司不能总额发放工资，及加班费申请劳动

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可以，劳动者的以下劳动收入不属于工资范围：
(1)单位支付给劳动者个人的福利费用，如丧葬抚恤救济费、生活困难补助费、计划生育补贴等;
(2)方面的费用，如用人单位支付给劳动者的工作服、解毒剂、清凉饮料费用等;
(3)按规定未计人工资总额的各种劳动报酬及其他劳动收入，如国家根据规定发放的创造发明奖、国家星火奖、自然科学奖、科学技术进步奖、合理化建议和技术改进奖、中华技能大奖等，以及稿费、讲课费、翻译费等。

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《劳动合同法》第47条“经济补偿按劳动者在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。。。。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前12个月的平均工资。”
《劳动合同法实施条例》第27条 “劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。 ”
可见，经济补偿金的计算基数是按劳动者应得工资计算。
经济补偿金的计算基数是12个月的平均应得工资，应得工资包括
1、单位代扣代缴的社保、住房公积金——应包含在经济补偿金计算基数中
根据法律规定，社保、住房公积金是由用人单位与劳动者按一定比例缴纳。用人单位每月代劳动者代扣代缴的个人部分，最后仍进入劳动者个人社保或公积金账户，是个人的货币性收入，属于工资的组成部分。所以个人代扣代缴部分应包含在经济补偿金计算基数中。
2、津贴、补贴、奖金、加班工资、特殊津贴等应计算在计算基数中
国家统计局《关于工资组成部分的规定》第四条：“工资总额由下列六个部分组成（1）计时工资；
（2）计件工资；
（3）奖金；
（4）津贴和补贴；
（5）加班加点工资；
（6）特殊情况下支付的工资。
可见，凡是符合工资组成部分的，包括奖金、津贴、补贴、加班工资、特殊津贴等属于工资收入的，都应计入经济补偿金计算基数。

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加班费计算基数是指用于计算劳动者加班费的工资标准。加班费计算基数应为劳动者“正常工作时间工资”。关于加班费计算基数“约定优先”原则的适用并非不受任何限制，双方约定违反法律强制性规定的，当然无效。因此，用人单位与劳动者约定加班费计算基数，应当特别注意以下两点：
1、加班费计算基数不得畸低于劳动者正常工作时间工资标准。
2、加班费计算基数不得低于最低工资标准。