事实不清证据不足不起诉案件怎么办

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》之相关条款，第一百七十七条第三款指出，在人民检察院做出不起诉裁决之后，必须要立即解除针对该案件侦查过程中所采取的所有查封、扣押、冻结的财物措施;
而对于那些被不起诉人，若他们需要承受行政处罚、处分或没收其违法所得等责任，那么人民检察院应提出相应的检察意见，并将其移交给相关的主管机关进行处理。
这些主管机关则需在收到处理结果后，尽快将处理情况通知给人民检察院。
此外，《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十九条也明确规定，对于由公安机关移送至人民检察院审查起诉的案件，当人民检察院作出不起诉的决定时，必须将不起诉决定书送达到公安机关。
若公安机关对此决定持有异议，可以申请复议，如若意见未得到采纳，还可向上级人民检察院提出复核请求。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条
人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。
对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。
有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
第一百七十九条
对于公安机关移送起诉的案件，人民检察院决定不起诉的，应当将不起诉决定书送达公安机关。
公安机关认为不起诉的决定有错误的时候，可以要求复议，如果意见不被接受，可以向上一级人民检察院提请复核。