庭审过程更加复杂
行政附带民事诉讼--并审理时，既要适用行政诉讼的程序，也须适用民事诉讼的程序。由于行政诉讼与民事诉讼中，当事人的诉讼权利义务不同，法庭对行政案件的事实调查与民事案件的事实调查角度也不一样。但该行政与民事案件在事实上又有着密切的联系，这就有可能使法庭对同一事实进行重复调查。又由于当事人的个人素质、法律知识、理解能力和表达能力等文化背景的差异，极易使法庭调查变得条理不清，从而增加了庭审的难度。
案件处理复杂化
行政附带民事诉讼的处理方式，较之刑事附带民事诉讼的处理方式更为复杂。行政附带民事诉讼一并审理可能出现如下结果
其一，行政案件与民事案件同时判决。行政案件与民事案件同时判决的情况下，当事人若仅对行政案件或民事案件提出上诉，就存在未上诉的民事案件或行政案件的判决是否生效的问题。当原审法院以不应作出具体行政行为为由，撤销具体行政行为时，行政案件被告提出上诉，民事案件当事人未提出上诉，此时，未提出上诉的民事判决，依据民事诉讼法的规定即发生法律效力。如果二审法院撤销原判，改判维持具体行政行为或撤销原判，发回重审，原生效的民事判决就可能存在错误，不得不再通过审判监督程序以以纠正。
其二，行政案件判决撤销具体行政行为，民事案件裁判驳回起诉。从行政诉讼的立法目的看，由于法院在行政诉讼中，主要行使的是司法监督权，对行政机关的具体行政行为只作包括程序在内的合法性审查，所以撤销具体行政行为的判决，并不都意味着行政机关不应作出该具体行政行为，而多数情况是行政机关应依法定程序重新作出该具体行政行为。这就使必须以该行政机关的具体行政行为为判决依据的民事诉讼，无法一并作出实体处理。因此，当行政案件的结果是由行政机关重新作出具体行政行为时，民事案件可能驳回起诉。在行政诉讼被告提出上诉的情况下，民事诉讼当事人没有提出上诉，二审对行政上诉案件一旦作出改判，维持行政机关的具体行政行为或裁定撤销原判、发回重审的处理，原民事诉讼的原告只有重新提起民事诉讼，才能恢复其原有的诉讼地位。这势必增加讼累。
行政附带民事诉讼在实践中的局限性和案件审理上的复杂化，远比上述分析要复杂得多。既然行政附带民事诉讼很难普遍实现其所追求的提高审判效率，便捷诉讼，保护当事人的合法权益等目的，就没有必要在我国行政诉讼中专门设立附带民事诉讼的制度。而应由同一审判组织(合议庭)在行政诉讼案件的处理结果确定后，对与该行政诉讼案件有关联的民事诉讼案件进行审理，当是最经济、最有效率和最能保证裁判结果统一性的审判方式。
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