在公司干了三年的软件设计开发，上个月提了辞职，但经理没有在交接单上签字，还安排我加班，我和其他同事办理了交接，公司会扣留我的劳动档案吗？工资怎么办？

一、你在公司上班，你和公司依法建立了劳动关系，你的权利受法律保护。
二、根据《劳动合同法》规定，劳动合同期内，劳动者提前30日通知公司可单方解除劳动合同，如在试用期内，劳动者提前3日通知公司可单方解除劳动合同。你履行了上述提前通知公司的义务，期限届满后，公司必须批准你辞职，公司没有在交接单上签字不影响你和公司解除劳动合同。
三、根据法律规定，公司安排你加班，需进行补休或者按照你工资标准的2倍支付加班工资。所以，你可以向公司申请调休100小时或者要求公司支付加班工资。
四、根据法律规定，你和公司解除劳动合同，需要和公司进行工作上的交接，由于你是技术研发人员，所以确实有义务将你掌握的与工作有关的技术授予接手你工作的同事，但你无需保证同事必然掌握。
五、根据法律规定，公司和你解除劳动合同，必须于解除当日出具解除劳动合同证明，同时应依法与你办理劳动档案转移手续，不得扣留你的劳动档案。
六、根据法律规定，公司与你解除劳动合同，必须与解除当日向你付清全部工资。