破产管理人对于待履行合同有两种选择:承担合同和拒绝履行合同。破产管理人若选择承担合同，必须首先弥补违约部分或者提供充足担保。破产管理人也需要考虑合同之外第三方的利益，即需要补偿因债务人先前违约所导致的第三方利益损失。当然，破产管理人为其将来可以实现合同目的所提供的保证也是必不可少的。对于合同义务，破产管理人仅能全部承担，不能仅享有合同部分权利或承担部分义务。
破产管理人一旦确定承担待履行合同，破产程序开始前存续的合同便由债务人继续履行，债权人享有的债权不再与其他债权按比例参与破产分配，而是作为共益债务由债务人财产随时优先清偿。与此相反，如果破产管理人拒绝履行待履行合同，则债务人被视为在破产程序开始前便违反了合同义务，债权人的债权随即变为无担保债权。债权只能进入由无担保债权组成的“债权池”，依比例受偿。但拒绝履行合同并不影响债权人依据合同享有的其他权利，如仲裁条款执行权、抗辩权和债权人依据合同享有的债权数额等并不会因拒绝履行合同而丧失。
破产法将许可协议视为待履行合同的做法较好地调和了破产法与知识产权法的矛盾。但由于知识产权法律关系客体的特殊性，又会产生新的问题。
在债务人是知识产权许可人的情况下，如果允许许可人恣意解除许可合同，考虑到知识产权一般无法在短时间内被取代或即使找到替代方法也要经历复杂的过程，这就有可能极大地打击被许可人围绕创新成果而进行的投资行为，甚至导致被许可人由此建立的事业的失败。被许可人丧失知识产权合法使用的损失是金钱难以补偿的。即使得到补偿，被许可人得到的也只是一种无担保债权，劣后于优先债权，而是与其他同等级债权人按比例偿付。
