我弟弟，他是公司的股东，他想了解转让已质押股权的法律问题

股权转让协议本身并不因股权设定质押而当然无效，但应征得质押权人的同意。 根据《担保法》第七十八条规定，以依法可以转让的股票出质的，出质人与质权人应当订立书面合同，并向证券登记机构办理出质登记。质押合同自登记之日起生效。股票出质后，不得转让，但经出质人与质权人协商同意的可以转让。出质人转让股票所得的价款应当向质权人提前清偿所担保的债权或者向与质权人约定的第三人提存。以有限责任公司的股份出质的，适用公司法股份转让的有关规定。质押合同自股份出质记载于股东名册之日起生效。

对这一问题不能一概而论，要根据协议双方签订协议时的主观状态和具体情势来具体分析。
判断合同是否有效的法律依据是合同法第五十二条的规定。该条规定了认定合同无效的五种情形，分别如下：
（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；
（三）以合法形式掩盖非法目的；
（四）损害社会公共利益；
（五）违反法律、行政法规的强制性规定。
据此转让已质押股权协议的效力可能存在以下情形：
1、如果协议双方恶意串通为了损害质权人的利益而签订协议的，第三人可以根据合同法第五十二条第（二）项的规定，请求人民法院认定协议无效。
2、如果转让方与受让方在明知股权质押的情况下签订协议，且约定如果在约定条件下股权质押解除后再履行合同，或者合同终止的，该协议并不违反法律规定，也没有损害第三人的利益，应认定为有效的协议。
3、转让方故意隐瞒拟转让的股权已质押的事实，导致受让方作出错误意思表示的，受让方可以根据合同法第五十四条第二项的规定，请求人民法院或者仲裁机构撤销或者变更该协议。但是受让方应在知道或者应当知道撤销事由之日起一年内行使权利，否则撤销权消灭。
但是如果在受让方提起诉讼或仲裁后法庭辩论终结前，拟转让股权的质押解除的，受让方主张撤销或者变更该协议可能会被人民法院驳回。