新劳动法执行后我原先的哪些霸王约束是否还有效果？

各位律师：
我就业于一个二级甲等医院，我于06年7月份就职至今，当初跟单位的合同是5年，条款很模糊，涉及赔偿的就是写了按照医院规定。现由于对于当地语言不通工作难开展，决定辞职。今天去给院长交辞职报告的时候他说要按照医院的赔偿规定，我记得以前条款上写有如果进修或学习的话是要赔偿相关费用的，可我两年来一直没有外出学习一直在单位上班怎么要赔偿？院长却说我虽然没外出学习，可两年来我在医院也算是种学习，并且一直占用了医院的一个位置，所以要按照医院相关规定赔偿，他说之前一个辞职时赔了一万多才能走的不信我去问。我现在想请教，医院的霸王合同条款和制度在法律上是否适用？还有医院是否能以我不按照他们说的数目赔款不得转走档案和保险之类的东西。新劳动法执行后我原先的哪些霸王约束是否还有效果？急迫切需要回答，我觉得医院这是土匪行为，把我两年半来上班说成是在这里学习了要交学费，我很郁闷