我的C1驾驶证是实习其E驾驶证不是实习期,在实习期期间C1被扣六分?

不会。驾驶证实习期扣六分延长实习期一年，是针对A、B照驾驶证的；C照驾驶证不存在延长实习期的问题。C1E驾驶证实习期内只要不被记满12分，缴纳罚款后就不会有问题。《机动车驾驶证申领和使用规定》规定：持有大型客车、牵引车、城市公交车、中型客车、大型货车驾驶证的驾驶人在一年实习期内记6分以上但未达到12分的，实习期限延长一年。在延长的实习期内再次记6分以上但未达到12分的，注销其实习的准驾车型驾驶资格。

驾照实习期驾照C1已经过了一年实习期，如果增驾摩托车的，摩托车还是有一年实习期的。相关规定如下：《机动车驾驶证申领和使用规定》第六十四条　机动车驾驶人初次申请机动车驾驶证和增加准驾车型后的12个月为实习期。新取得大型客车、牵引车、城市公交车、中型客车、大型货车驾驶证的，实习期结束后三十日内应当参加道路交通安全法律法规、交通安全文明驾驶、应急处置等知识考试，并接受不少于半小时的交通事故案例警示教育。在实习期内驾驶机动车的，应当在车身后部粘贴或者悬挂统一式样的实习标志。