1、审查内容。检察机关审查行政公益诉讼案件，应当查明：行政机关的法定职责、权限和法律依据;行政机关违法行使职权或者不作为的证据;国家利益或者社会公共利益受到侵害的事实及状态;行政机关违法行使职权或者不作为与损害后果之间存在因果关系;其他需要查明的内容。
2、讨论及审批程序。行政公益诉讼案件由检察官办案组办理。审查终结的，应当制作《诉前审查报告》并明确提出是否发出检察建议或终结审查的处理意见，并经集体讨论。集体讨论形成的意见，应当报检察长决定。检察长认为必要的，可以提请检察委员会讨论决定。
3、审查期限。办理行政公益诉讼案件拟作出终结审查或者提出检察建议决定的，应当自决定立案之日起三个月内办理终结。有特殊情况需要延长的，报经检察长决定。检察机关办理行政公益诉讼案件，鉴定、评估、审计期间及报送审批期间不计入审查期限。
综上所述，检察院在平时工作中发现政府机构有违法行为，其可以提出检查意见，如果政府机构没有处理，在回复期满后两个月内，检察院应该发起行政公益诉讼。检察院审查的时候，重点看政府机构行为和公共利益受损之间是否有必然联系。
