你好，我有农保在医院住院10000元，直接扣款大概3500，剩下6500元是自负

符合医疗保险结付规定的普通门诊医疗费用（不含门诊特定项目医疗费用）先从个人账户中支付。从2016年4月1日起，个人账户用完后，每一结算年度（每年4月至次年3月）内，在职职工（含灵活就业参保人员、“协保”人员、领取失业保险金人员，下同）个人自负600元在规定限额内（在职职工3800元）由地方补充医疗保险统筹基金按比例结付，其中：在市区B级定点社区卫生服务中心（站）、门诊部（所）、单位卫生所发生的门诊费用，按在职职工80的标准结付；在市区定点医院、B级定点零售药店发生的门诊费用，按在职职工60的标准结付。除上述规定以外的门诊医疗费用，医疗保险基金不予结付。超出部分属于自负还是自费，需要看您的诊疗项目和药品是否在医保结付范围。自负医疗费用，是指参保人员按照市区社会医疗保险规定，使用社会保障卡结算产生的医疗费用自负部分；不包括职工医疗保险参保人员未参加地方补充医疗保险期间的自负费用；不包括自费医疗费用和未使用社会保障卡由个人现金结付的医疗费用。
2.苏州市区社会医疗保险参保人员中，每年1月1日至12月31日期间发生的自负医疗费用超过5000元（含）的人员，可享受年度医疗救助待遇。年度医疗救助金由市社保中心指定的商业保险公司于每年1月份直接划入救助对象本人社会保障卡苏州银行借记账户中。救助对象可持本人社会保障卡，到苏州银行各营业网点或ATM机，凭金融账户交易密码办理取款业务。

申领补偿时，需带身份证、户口本、《新农合证》(此三证原件审核后复印存底)医疗机构的有效住院发票、出院小结(或病历)、费用清单和转诊证明。
需要准备本人身份证和农村合作医疗卡。需要本人办理。
合作医疗保险的报销是按比例进行的，一般在20--85%左右浮动。其报销的比例和多少跟自己的检查和用药情况，医疗等级等因素有关。举个例子就比较清晰了，A类药品可以享受全报，C类就需要全部自负费用，而B类报80%，自负20%的比例。