1、在建设工程纠纷中，涉及工程款纠纷的，当事人有明确约定的，人民法院应当按照当事人的约定判决;如果约定不明确，如暂定等，但约定按照某一定额进行结算，人民法院委托鉴定时应当明确按照该定额进行结算。这样做是符合《合同法》第64条的规定的。但是，法院这样做的前提是有赖于工程造价行业的观念和管理方式的改变。其核心在于如何看待建设工程定额的性质，一旦明确了定额不是政府定价或者政府指导价后，这种变化是必然的。但是，人民法院在这一改变前并不是无能为力的，因为理论上人民法院的判决是具有最高效力的行为指针。人民法院可以通过尊重当事人的判决来推动这一变化。
　　
2、应当允许当事人在工程建设的过程中提起诉讼，也可以对工程造价进行阶段性的鉴定。不能一概地要求建设工程诉讼必须是在工程竣工后进行。
　　
3、对于当事人的违约责任，人民法院必须严格追究。不能因为建设工程纠纷的违约责任追究十分困难就放弃追究，我国建设工程领域的许多问题(包括质量问题)，都是产生于不能严格履行合同。
　　此外还有必要在合同的结算方面加以完善。
　　完善合同的结算条款：为避免合同造价纠纷，积极的办法就是当事人在设定承发包合同时增加工程造价过程控制的内容，按工程形象进度分阶段进行结算并确定相应的操作程序，使承发包合同签约时不能确定的工程造价，在合同履行过程中按约定的程序得到确定，从而避免可能出现的造价纠纷。
　　一般认为，针对我国目前的实际情况，设定造价过程控制程序需要增加以下条款：
　　
(1)约定业主按工程形象进度分段提供施工图的期限和开发商组织分段图纸会审的期限;
　　
(2)约定承包商收到分段施工图后提供相应工程预算以及业主批复同意分段预算的期限;经业主认可的分段预算是该段工程备料款和进度款的付款依据;
　　
(3)约定承包商按经业主认可的分段施工围组织设计和分段进度计划组织基础、结构、装修阶段施工;合同规定的分阶段进度计划具有决定合同是否继续履行的直接约束力;
　　
(4)约定承包商完成分阶段工程并多质量检查符合合同约定条件向业主递交该形象进度阶段的工程决算的期限，以及业主审核批准的期限;
　　
(5)约定业主拨付承包商各分阶段预算工程款的比例，以及备料款、进度款、工程量增减值和设计变更签证、新型特殊材料差价的分阶段结算方法;
　　
(6)约定全部工程竣工通过验收后承包商递交工程最终决算造价的期限，以及开发商审核是否同意及提出异议的期限和方法，双方约定经业主提出异议，承包商作修改、调整后双方能协商一致的，即为工程最终造价;
　　
(7)约定承发包双方对结算工程最终造价有异议时的委托市价机构审价以及该机构审价对双方均具有约束力，双方均承认该机构审定的即为工程最终造价;
　　
(8)约定双方自行审核确定的或由约定审价机构审定的最终造价的支付以及与工程保修预留款的互相类系和处理方法;
　　
(9)约定结算工程最终造价期间与工程交付使用的互相关系及处理方法，实际交付使用和实际结算完毕之间的期限是否计取利息以及计取的方法。
　　建筑工程承发包合同对事先难以确定的造价设定分阶段预决算和确定工程最终造价的特别约定，与承发包合同的其他条款，例如分阶段工期及质量标准、分阶段备料工程款的支付及调整及竣工交付使用的限制等都有密切的联系，与政府的专业管理和社会的配套服务和中介机构的服务也有直接的关系。