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不冲突的，因为软件著作权保护的是版权，是软件的代码顺序，专利保护的则是软件功能的实现过程，是两个不同层面的东西，所以说先进行软件著作权登记并不妨碍专利申请。
为了解决外观设计专利权与其他在先权利的冲突问题，相关法律法规作了专门规定。《专利法》第二十三条第三款规定：授予专利权的外观设计不得与他人在先取得的合法权利相冲突。最高人民法院的司法解释进一步对“合法权利”进行解释：包括商标权、著作权、企业名称权、肖像权、知名商品特有包装或装潢使用权等。《专利审查指南 (2010)》也对涉及权利冲突的专利无效宣告请求案件审查作出详细规定：当在先权利人或利害关系人认为某一外观设计专利涉嫌侵犯其在先权利时，可以向国家知识产权局专利复审委员会提出专利无效宣告请求。在无效宣告程序中，请求人应就其主张进行举证，包括证明其是在先权利的权利人或者利害关系人以及在先权利有效。
从实践来看，以权利冲突为由提起的外观设计专利无效案件，多数涉及注册商标和享有著作权的作品。极少数人未经许可在专利申请中使用了他人的注册商标、作品，在获得授权后，该专利权的实施会损害在先权利人的合法权益。
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